La ciencia griega fue decallendo progresivamente hasta desaparecer hacia el siglo IV d.C. Hacia el siglo VII de nuestra era, los árabes recogieron los conocimientos quimicos y las ideas filosóficas de los egipcios y dieron origen a la alquimia.Para los alquimistas todos los metales estaban formados por tres principios comunes (la tria prima): el mercurio, que representaba el carácter metálico y la volatilidad, el azufre, que representaba la solides y la solubilidad.
El objetivo de los alquimistas se centro en la transmutación de los metales innobles en metales nobles, especialmente en oro, para lo cual debía prepararse en primer lugar la piedra filosofal, cuya infusión, conocida como "exilir de la larga vida", eliminaría las enfermedades y seguiría la inmortalidad a quien la bebiese.
Los más famosos alquimistas fueron los árabes Gefer, Rhasés, Avicena y Averroes. Entre los alquimistas cristianos destacaron San Alberto Magno, Roger Bacon y Basilio Valentín. En su camino hacia la "piedra filosofal" los alquimistas prepararon el amoníaco, el ácido sulfúrico, el ácido nítrico, el agua regia y el etanol, entre otros compuestos importantes.
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